Sejarah Magister IAIN Madura merupakan perguruan tinggi agama Islam negeri satu-satunya di Madura. Sebelumnya IAIN Madura merupakan cabang Fakultas Tarbiyah dari IAIN Sunan Ampel. Namun dengan seiring waktu pada tahun 1997 dengan terbitnya Surat Keputusan Presiden Nomor 11 tanggal 21 Maret 1997 menjadi dasar peralihan status Cabang Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel (sekarang sudah menjadi UIN Sunan Ampel) ke STAIN Pamekasan secara mandiri.

Dengan adanya peralihan status dari kampus cabang IAIN Sunan Ampel ke kampus STAIN Pamekasan secara mandiri memiliki dampak positif karena semua pengelolaan diotonomikan secara mandiri ke STAIN Pamekasan. Di samping itu, dengan peralihan status ini maka yang awalnya merupakan cabang dari IAIN Sunan Ampel dan berada di bawah kendali IAIN Sunan Ampel, nanum dengan status yang baru STAIN Pamekasan langsung berada di bawah Departemen Agama Republik Indonesia.

Dengan status sebagai STAIN Pamekasan berjalan selama 21 tahun, namun pada tahun 2018 beralih status menjadi IAIN Madura yang didasarkan pada Peraturan Presiden RI Nomor 28 Tahun 2018 tentang IAIN Madura.

Saat ini, IAIN Madura terus dikembangkan baik secara akademik maupun kelembagaan. Per tahun 2018 IAIN Madura telah memiliki 4 (empat) Fakultas dan 19 (delapan belas) Program Studi, serta tiga Program Magister.

Pada Fakultas Tarbiyah terdapat 12 program studi yaitu Prodi Tadris Bahasa Arab, Prodi Tadris Bahasa Indonesia, Prodi Pendidikan Agama Islam, Prodi Bimbingan Konseling Islam, Prodi Ilmu Pengetahuan Sosial, Prodi Pendidikan Guru Raudlatul Athfal, Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah, Prodi PPG (Program Pendidikan Profesi Guru), Prodi Tadris Matematika, dan Prodi Tadris IPA. Sedangkan, pada Fakultas Syariah terdapat 3 program studi yaitu al-Ahwal al-Syakhshiyyah, Hukum Tata Negara dan Hukum Ekonomi Syari’ah. Selanjutnya di Fakultas Ushuluddin dan Dakwah terdapat 2 program studi yaitu Komunikasi Penyiaran Islam dan program studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir. Selain tiga fakultas di atas, IAIN Madura juga mempunyai Fakultas Ekonomi dan Bisnis. Pada Fakultas ini terdapat 4 program studi yaitu Prodi Akuntansi Syariah, Prodi Perbankan Syariah, Prodi Ekonomi Syariah, dan Prodi Manajemen Bisnis Syariah.

Selain untuk program sarjana, IAIN Madura juga mempunyai program studi magister yaitu Prodi Pendidikan Agama Islam, Prodi Hukum Keluarga Islam, Prodi  Ekonomi Islam, dilanjutkan dengan Prodi Manajemen Pendidikan Islam, dan terakhir Prodi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir. keberadaan Pascasarjana ini, juga didasarkan dengan terbitnya SK pendirian Prodi PAI pada tahun 2013. seiring dengan perkembangan waktu Pascasarjana IAIN Madura pada tahun 2024 telah memiliki 5 program studi sebagaimana telah dijabarkan di atas dan sedang mengusulkan 5 program studi di antaranya: Prodi Doktor PAI, Prodi Doktor Syariah, Prodi Doktor Studi Islam, Prodi Magister Tadris Bahasa Arab dan Prodi Magister Tadris Bahasa Inggris. Adapun Program Studi Magister Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir diselenggarakan setelah mendapatkan SK dari Kementrian Agama nomor 1197 tahun 2021 dan mulai menerima mahasiswa baru pada periode 2022-2023.